Los filtros de combustible atrapan los contaminantes que se encuentran en la gasolina, diesel o incluso se emplean en las instalaciones GLP, proporcionando a los elementos de precisión del sistema de combustible una protección eficaz frente al desgaste rápido. Estos combustibles contienen contaminantes resultantes del proceso de producción y distribución. El polvo, el hollín de las superficies interiores del tanque, el agua y los microorganismos pueden causar un desgaste rápido de los inyectores, bombas o válvulas de regulación de presión en los motores modernos. Por lo tanto, cada sistema de combustible tiene filtros que están óptimamente seleccionados conforme a las necesidades del motor, la calidad del combustible y las condiciones de uso previstas. Los requisitos de los filtros son muy altos. En los motores modernos se requiere la filtración de las partículas contaminantes de tamaño 3/5 micras, con más del 90% de eficiencia. Para un mejor rendimiento, en muchos casos se instala más de un filtro en el sistema de combustible. Sin embargo, en comparación con la filtración de aceite, en la filtración de combustible no hay válvulas by-pass facilitando el flujo del mismo, cuando se obstruyen los filtros, ya que por norma sólo el combustible limpio entra en la cámara de combustión. Por lo tanto, es mejor que el motor se detenga debido a la falta de combustible (filtros sucios) que si tuviera que trabajar utilizando combustible sucio.